Órgão inicialmente denominado Auditoria-Geral do Estado, era subordinado diretamente à Secretaria de Estado da Fazenda e possuía como finalidade a realização de auditagens periódicas no âmbito da Administração Direta e Indireta, com vistas à supervisão, inspeção, orientação e controle da aplicação das normas administrativas, financeiras e contábeis, conforme Decreto nº 158 de 1º de novembro de 1991.

No dia 10 abril de 2001, através da Lei nº 284, a Auditoria foi instituída como Órgão Central do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Estadual, deixando de ser unidade administrativa da estrutura organizacional da Secretaria de Estado da Fazenda para fazer parte da estrutura da Governadoria, Lei nº 285 de 11 abril de 2001.

Por fim, com a Lei nº 499 de 19 de Julho de 2005, art. 60, a denominação de Auditoria-Geral do Estado foi transformada para Controladoria-Geral do Estado, que passou a ter as seguintes competências, conforme art. 24 da referida Lei:

I – exercer o controle interno, em todos os níveis, com a colaboração da Secretaria de Estado do Planejamento e Desenvolvimento, da Secretaria de Estado da Gestão Estratégica e Administração, da Secretaria de Estado da Fazenda, da Procuradoria-Geral do Estado e da Casa Civil;
II – orientar, coordenar e articular as atividades de controle interno nos Órgãos e Entidades da Administração Direta que compõem o Sistema de Controle Interno;
III – verificar a legalidade, eficiência, eficácia e efetividade dos atos da gestão contábil, orçamentária, patrimonial, administrativa e financeira, avaliando controles, registros, demonstrações, apurações e relatórios, além de outras atividades de controle interno, em todos os níveis dos Órgãos do Poder Executivo;
IV – realizar inspeções junto aos Órgãos, visando à salvaguarda dos bens, a execução do orçamento, a verificação, exatidão e regularidade das contas;
V – averiguar a regularidade da receita e despesa;
VI – avaliar os resultados alcançados pelos administradores e verificar a execução dos contratos;
VII – examinar a regularidade dos atos que resultem em criação ou extinção de direitos e obrigações, na esfera do Poder Executivo do Estado;
VIII – criar condições propícias ao desenvolvimento das atividades de auditagens e inspeções;
IX – baixar normas internas sobre a execução das atividades de auditagem e inspeções;
X – impugnar despesas e determinar a inscrição de responsabilidade;
XI – representar a autoridade administrativa, para aplicação das medidas cabíveis sobre irregularidades que verificar, no exercício da fiscalização das atividades de administração financeira, patrimonial, execução orçamentária e contabilidade;
XII – prestar assessoramento, quando necessário, aos Órgãos auditados, visando à eficiência dos sistemas de controle interno, de modo a assegurar progressiva racionalização de seus programas, projetos e atividades;

XIII – verificar, na execução direta das atividades de auditoria:
    
a) a exatidão dos balanços, balancetes e outras demonstrações contábeis, em face dos documentos que lhes derem origem;
b) o exame das prestações e das tomadas de contas dos agentes, exatores, ordenadores de despesas, administradores e responsáveis, de direito e de fato, por  bens, numerários e valores do Estado ou a este confiados;
c) a exatidão dos controles financeiros, patrimoniais, orçamentários e contábeis, examinando se o registro da execução dos programas obedece às disposições legais e às normas de contabilidade estabelecidas para o Serviço Público Estadual;
XIV – exercer outras atividades correlatas.